Shinjo jugó una temporada con los Mets antes de ser cambiado a San Francisco en diciembre del 2001. Bateó para .238 con nueve cuadrangulares y 37 carreras impulsadas para los campeones de la Liga Nacional, pero fue puesto en libertad al concluir la temporada.

Shinjo bateó para .268 con 10 jonrones y 56 empujadas en el 2001 con los Mets, sy primera temporada en las mayores tras venir de Japón. Es conocido como un jardinero central defensivo y ayudará a darle profundidad al banco de los Mets en los jardines.

"Le damos la bienvenida nuevamente a Tsuyoshi con brazos abiertos,'' dijo Jim Duquette, asistente del gerente general de los Mets, Steve Phillips. "Es un jugador que puede defender las tres posiciones en los bosques muy bien. No hay duda en nuestras mentes de que puede regresar a donde estaba ofensivamente y ayudarnos desde el plato.''