A lo largo de su historia, el Maratón de Tokio fue cambiando su recorrido para buscar una carrera rápida y atractiva, en la que los runners tanto profesionales como amateurs puedan conseguir buenas marcas pero al mismo tiempo se deleiten con los lugares más emblemáticos de la ciudad. Por esto, desde la edición 2017 el punto de salida se ubica en el edificio de Metropolitan Government Building, un moderno complejo de edificaciones que albergan la sede del Gobierno de Tokio, y la meta está en el Big Sight Convention Center, localizado en Odaiba, en la Bahía de Tokio, uno de los centros de convención más grandes en la ciudad.
Además, este nuevo trayecto eliminó algunos desniveles que se ubicaban sobre el final del circuito, aunque con los cambios lograron mantener su esencia: recorrer durante 42.195 metros el pasado, presente y futuro de una de las ciudades más innovadoras del mundo. De esta forma, el veloz y frenético circuito recorre los barrios más destacados de la capital como Shinjuku, Iidabashi, Kanda, Nihombashi, Asakusa Kaminari-Mon, Ryogoku, Monzen-nakacho, Ginza, Takanawa, Hibiya y Tokyo Station/Gyoko-dori Ave, cruzando el casco antiguo, para luego pasar por el centro más actual y posteriormente cruzar el trayecto considerado más futurista de la ciudad.
A lo largo de los kilómetros se pueden ver entre otros el Palacio Imperial, la Torre de Tokio, el mercado de pesca más grande del mundo, para luego culminar el trayecto en la Estación metropolitana. A la hora de hablar del Maratón de Tokio, las condiciones climáticas merecen un párrafo aparte. En promedio las temperaturas para esta época del año son de tan solo 7 grados y en general lluvioso.
La escena transcurre durante la primavera en Japón, con un marco único ya que durante el mes de marzo se produce la floración de los cerezos, uno de los símbolos nacionales más importantes del Japón.