Se disputaron los primeros duelos del Play In; Tijuana y FC Juárez avanzaron a Liguilla del Apertura 2025.
Arrancó la fase final del Apertura 2025 con los primeros partidos de Play In. En el primer encuentro Pachuca eliminó a Pumas, pero cayó ante FC Juárez por el boleto a Liguilla.
Por su parte, los Xolos de Tijuana avanzó como séptimo lugar y chocará con Tigres.
Play In A
(7) 3-1 (8) 
Tijuana se impuso en casa a los Bravos y se convirtió en el séptimo lugar, por lo que enfrentará a Tigres en cuartos de final.
FC Juárez tuvo una segunda oportunidad ante Pachuca y la aprovechó para avanzar a Liguilla.
Play In B
(9) 3-1 (10) 
Pachuca superó a Pumas con goles de Enner Valencia y Kenedy (doblete) para seguir con vida en el Play In del Apertura 2025.
En el duelo ante FC Juárez, los Tuzo cayeron 2-1 y se despidieron del torneo.
Así queda la Liguilla
Toluca (1) vs. (8) FC Juárez
Toluca y Juárez, el duelo más disparejo de los cuartos de final por sus posiciones en la tabla general, no tienen antecedentes en la historia de las Liguillas. Solo se han enfrentado en un repechaje que ganaron los Diablos.
El repechaje entre Toluca y Juárez se disputó en el Apertura 2022 en el Estadio Nemesio Diez, donde los Diablos ganaron 3-0 con goles de Camilo Sanvezzo, Carlos González y Marcel Ruiz.
Toluca y Juárez se enfrentaron en la Jornada 4 del Apertura 2022 en el Estadio Olímpico Benito Juárez, donde los Diablos ganaron 0-2 gracias a los goles de Paulinho y Juan Domínguez.
Tigres (2) vs. (7) Tijuana
Tigres, ubicado en el segundo lugar, enfrentará a Tijuana ganador de la serie del Play In sobre Juárez. Los felinos ya cuentan con historial en instancias de eliminación directa ante los Xolos, el cual favorece a los de Nuevo León.
Cruz Azul (3) vs. (6) Chivas
Cruz Azul y Chivas se han enfrentado en tres series de eliminación directa en la Liga MX, con el historial a favor del Guadalajara con dos triunfos. De esas tres ocasiones en que se han medido en eliminación directa, dos han sido en cuartos de final, instancia en la que se volverán a encontrar en el Apertura 2025.
Chivas ha vencido a Cruz Azul en los cuartos de final del Apertura 2006 y en el repechaje del Clausura 2003, mientras que el único triunfo de la Máquina sobre el Guadalajara en Liguilla fue en los cuartos de final del Verano 1999.
América (4) vs. (5) Rayados
América y Monterrey se han enfrentado en siete ocasiones en Liguilla, pero solo una en cuartos de final, instancia en la que volverán a verse las caras en el Apertura 2025. El historial favorece a los Rayados con cuatro llaves ganadas, incluida la de los cuartos de final del Apertura 2009.
Monterrey presume una supremacía sobre América en instancias de eliminación directa, con triunfos en cuartos de final, semifinales (2) y final, mientras que las Águilas, que se han impuesto en tres ocasiones, han vencido a los Rayados en semifinales (2) y en una final.