Rodrigo Bentancur conquistó su primer título con Tottenham Hotspur al obtener la UEFA Europa League, siendo una pieza clave a lo largo de la campaña que terminó con la obtención del trofeo continental en el nuevo San Mamés. La participación del uruguayo fue de menos a más, ya que comenzó el certamen ingresando desde el banco y jugando los últimos 20 minutos del estreno ante Qarabag, y permaneció entre los relevos en el segundo encuentro ante Ferencvaros en tierras húngaras. A partir de ahí, 'Lolo' completó los 90 minutos ante AZ Alkmaar, y desde ese partido no volvió a faltar, a excepción del encuentro de vuelta de octavos de final. Jugó los encuentros ante Galatasaray, Roma, Rangers, Hoffenheim, Elfsborg, antes de iniciar la ronda de partidos de playoffs. En la llave de octavos de final ante AZ Alkmaar jugó el partido completo en la ida y faltó en la revancha, y en el resto de los encuentros disputó el 100% de los minutos, tanto en los duelos de cuartos de final ante Eintracht Frankfurt, en las semifinales contra Bodo Glimt y en la gran final ante Manchester United. Durante la campaña del Tottenham Hotspur campeón, Bentancur jugó 967 minutos, disputó un total de 13 encuentros, registró un porcentaje de efectividad en pases del 89,16% y terminó la competición como el jugador con mayor cantidad de recuperaciones, con 88.