Sebastián Fernández comenzó su carrera en Miramar Misiones y a los dos años fue convocado por Tabárez a la selección uruguaya. En Defensor Sporting se dio cuenta que podía desarrollar una carrera profesional y vivir del fútbol.
Después de jugar al fútbol amateur en Carrasco Polo, Fernández llega a probarse a Miramar Misiones en el año 2004. Según contó a ESPN.com.uy con un empuje muy grande su hermano Agustín: “Divino, todo nuevo, yo siempre tuve una pasión por el fútbol muy grande, unas ganas de jugar a la pelota muy grande y el profe Tchakidjián me abrió esa posibilidad. Me decía, dale, tenes que probar. Mi hermano Agustín siempre fue el que más me insistió, me decía, 'dale tenes que intentarlo, a ver si podes, tener que hacerlo, no lo dejes pasar'. Me puse el desafío a ver si era capaz, a ver si podía, y fui subiendo escaloncito por escaloncito”.
“Ese arranque, ese lugar fue divino, fue sacarme las ganas y estar en un lugar que siempre me sentí muy cómodo, con gente con la que sigo siendo muy amigo, como Agustín Lucas, que estaba en ese lugar, de los primeros que llegó. Palito también estaba ahí y seguimos viéndonos 15, 20 años después”, agregó Fernández.
Fernández jugó varias temporadas en Miramar, incluso fue citado a la selección de Tabárez en el año 2006, cuando defendía la camiseta del cebrita.
“Hacía dos años estaba jugando al fútbol y ya estaba en la selección uruguaya con el Chino Recoba que venía de Italia, Pablo García, Diogo, que estaban en el Real Madrid, entonces, fue un aprendizaje bárbaro, cometí un montón de errores y aprendí sobre lo que era ser jugador profesional. Yo seguía con mi cabeza, disfrutando del fútbol y no pensaba que podía hacer una carrera como jugador aún en la selección uruguaya, estaba divirtiéndome, viviendo la juventud. Fui aprendiendo la vida de futbolista y con los años me di cuenta lo difícil que es llegar a ese lugar”, confesó.
Sebastián Fernández fichó en 2007 por Defensor Sporting, el equipo en donde asegura que se definió totalmente por dedicarse al fútbol para desarrollar una carrera profesional: “En el primer semestre con “El polilla” (Jorge Da Silva), me voy a Defensor y entiendo lo que es ser profesional. El que me fichó en Miramar fue el Pato Laje, un fenómeno, y el Polilla Da Silva me enseñó y me puso en el carril de lo que se necesita para ser profesional. Estamos hablando de la organización, la forma, la estructura de respetar a los demás, cumpliendo con todas las pautas que se requieren para que un equipo funcione”.
Sebastián Fernández cumplía una carrera de tres años a nivel profesional y ya había tenido experiencia en selección y estaba además, jugando Copa Libertadores con Defensor Sporting.
“El primer semestre ya estábamos con Copa Libertadores, era un sueño cumplido, yo estaba en un equipo que podía pelear el campeonato, salir campeón y jugar la copa. Para mí estar ahí y jugar la copa fue pensar, '¡que divino que es esto!', cada vez me enganchaba más, y decía, es esto lo que realmente quiero hacer”, sostuvo.
Sebastián Fernández jugó para Banfield en Argentina, Málaga y Rayo Vallecano en España y llegó en la temporada 2014 a Nacional, equipo que todavía defiende con 34 años.