En dos ocasiones, Thomas fue seleccionado Jugador más Valioso del partido de estrellas. En 1990 fue seleccionado JMV de la serie final de la NBA. Luego de su retiro como jugador, fue seleccionado al Salón de la Fama del baloncesto, escogido como uno de los 50 mejores jugadores de la historia de la Liga y su camiseta número 11 fue retirada por su equipo de Detroit.

Luego de pasar un tiempo como vice-presidente de los Toronto Raptors, analista de baloncesto para la telecadena NBC, ejecutivo principal y dueño de la "Continental Basketball Association"; Isiah fue contratado en el año 2000 para hacerse cargo de la dirección técnica de los Indiana Pacers.

Sus dos temporadas llevando al equipo a clasificarse para los "playoffs" y todo ese brillante historial antes mencionado deberían ser suficientes para darle el beneficio de ser considerado un buen entrenador, alguien que sabe lo que hace en la conducción de su equipo. Lamentablemente, éste no ha sido el caso. Su marca en dos temporadas al frente del equipo es de apenas 83 victorias y 81 derrotas (.506 de promedio), lo que le ha valido para clasificarse en la octava posición en la conferencia en ambas ocasiones. En ambos años han sido eliminados por el primer clasificado, en la primera ronda de la postemporada. En contraste, su predecesor, Larry Bird guió al equipo en tres temporadas a una marca colectiva de 147 y 67, para un promedio de .687. Más importante aún es el hecho de que, en esos tres años, el equipo siempre estuvo en los primeros lugares en el Este, llegando en los primeros dos a la Final de Conferencia y en la temporada previa a la llegada de Thomas, a la Final de la NBA.

Por estas razones, lo logrado por el equipo bajo la dirección de Isiah se ha visto más como un paso atrás dado por la franquicia y obviamente, muchos culpan de este retroceso al entrenador. Algunos hacen mención de un ambiente desordenado en los entrenamientos, una inseguridad en la toma de decisiones durante los partidos y una falta de claridad en los esquemas tácticos, así como en la rotación de jugadores, que dan la impresión de que se improvisa en estos aspectos.

Thomas se ha defendido de estos ataques argumentando que el equipo que él heredó no era el mismo que había tenido tanto éxito bajo la dirección de Bird, ya que había habido muchos cambios de personal. También se defendió con los argumentos de que le ha tocado enseñar a jugar a una serie de jóvenes e inexpertos, que ha tenido lesiones de jugadores claves en los peores momentos (Al Harrington el año pasado) y que los cambios de jugadores efectuados en medio de la temporada le han restado continuidad a su proyecto.

Para esta temporada, Thomas ha implementado un sistema ofensivo totalmente nuevo que él espera le brinde a su quinteto más consistencia para anotar. El mismo es un invento del entrenador, en el que procura integrar conceptos del "triángulo" de Tex Winters con la ofensiva de "poste alto" de John Wooden y el juego de "pases y movimiento" de Bobby Knight. ¿Será este esquema ofensivo la solución a la inconsistencia en el juego de los Pacers? ¿Qué pasará con la defensiva, tendrán Thomas y sus ayudantes formas de mejorarla también? De las respuestas a estas interrogantes puede depender que Indiana salga de la mediocridad este año, gane una o dos series de postemporada y se extienda la permanencia del técnico al frente del equipo.

No hay duda que el equipo tiene juventud, capacidades atléticas, cierta experiencia y liderato para tener una mejor actuación. Jugadores como Brad Miller, Ron Artest y Jermaine O'Neal aseguran una línea delantera de primera. Al Harrington, Jonathan Bender y Jeff Foster añaden solidez y juego espectacular. Ron Mercer y Reggie Miller aportan buen poder de anotación a media y larga distancia. Mucho va a depender de los armadores Jamaal Tinsley, Erick Strickland y Fred Jones que puedan dominar los conceptos de la nueva ofensiva lo más pronto posible para poderla emplear eficazmente. Otra procupación es cuán pronto pueda Reggie Miller salir de la lista de incapacitados, a la que ha sido envíado por una molestosa lesión de tobillo que, luego de dos meses de ocurrir, no acaba de sanar. Miller pudiera estar perdiendo de dos a tres semanas de torneo y ésta puede convertirse en una baja muy costosa. A los 37 años y aún con la cantidad de talento joven que tienen los Pacers, Reggie sigue siendo el jugador franquicia.