Baggio saltó a la fama antes del Mundial de Italia '90 cuando los aficionados de la Fiorentina salieron a las calles para protestar su pase a la Juventus. Pero los aficionados del fútbol tuvieron que esperar hasta el tercer partido de la primera ronda para ver por primera vez a Baggio, quien formó una sólida pareja con Salvatore Schillaci, reemplazando en la alineación titular a Andrea Carnevale y Gianluca Vialli.

En ese partido, Baggio anotó "el gol" del Mundial al recibir el balón en la media cancha, superar a la defensa checa y batir al portero Jan Stejskal. En ese momento el mundo se dio cuenta de que Italia tenía un grande en Baggio.

Sin embargo, el técnico Azeglio Vicini no compartió esa idea y volvió a meter a Vialli en la alineación titular cuando regresó de una lesión en la semifinal ante Argentina. Vicini pagó caro esa decisión ya que Italia cayó en penales ante el equipo de Diego Maradona.

Cuatro años más tarde, Baggio estaba en su mejor momento. Después de un inicio inconsistente, Baggio se convirtió en el motor que llevó a Italia hasta la final. Un gol de último minuto que empató el marcador ante Nigeria fue seguido por otro más sobre la hora para vencer a los africanos.

Baggio repitió la hazaña con otro gol sobre la hora para vencer a España. En las semifinales, Baggio volvió a salvar a Italia con un gol ante Bulgaria. A lo largo del torneo, el equipo de Arrigo Sacchi fue salvado por las genialidades de Baggio.

En la final, Baggio, que tenía una lesión en la rodilla que lo debió haber dejado en el banco, no pudo hacer su magia y falló un tiro en la definición por penales que le dio el trofeo a Brasil.

Ese no fue el final para Il Principe ya que regresó para el Mundial de Francia 98 y salió como titular en los primeros partidos del torneo antes de ser reemplazado por Alessandro Del Piero. Baggio logró enterrar sus fantasmas desde el punto de penal al anotar ante Francia en los cuartos de final; sin embargo, Italia se quedó en el camino.

¿Fue esa la última imagen que tendremos de Baggio en un Mundial? Lamentablemente, una lesión en la rodilla mientras que jugaba con el Brescia parece que ha dejado a Baggio fuera de Japón y Corea. Aún existe la posibilidad de que sea convocado al equipo, pero el técnico Giovanni Trappatoni ha indicado que es poco probable que Baggio sea incluido en la lista de jugadores que viaje a Asia.