Desde hace más de una década la CONMEBOL Libertadores se ha convertido en una competición muy difícil para los clubes peruanos, en especial para ciertas instituciones, como Melgar.
El Dominó ha crecido mucho a nivel deportivo e institucional en la última década, tras conseguir el título nacional del 2015 y dos subcampeonatos (2016 y 2022). Sin embargo, le ha costado dar ese salto internacional pese a tener a la altura de Arequipa como aliado.
Ya sea en los ochenta o en la época actual, Melgar nunca pudo superar la fase de grupos, aunque sí ha tenido buenas campañas de acuerdo a sus posibilidades.
Sus primeras participaciones sucedieron en las ediciones 1982 y 1984, a las que el Rojinegro llegó como campeón y subcampeón nacional, respectivamente. En la Copa 1982, su temporada debut, el Dominó fue protagonista, pero acabó segundo de su grupo detrás de Olimpia de Paraguay y no pudo avanzar a la segunda fase. En la Libertadores 1984, el conjunto arequipeño acabó último de su grupo con apenas 2 puntos, a 6 del líder Universidad de Los Andes de Venezuela.
Treinta y dos años después, Melgar afrontó con mucha ilusión la Libertadores 2016 tras ser campeón nacional a costa de Sporting Cristal. No obstante, la campaña fue desastrosa luego de no sumar puntos ante Atlético Mineiro, Independiente del Valle y Colo Colo.
Al año siguiente, el por entonces equipo de Juan Reynoso integró el Grupo 3, pero los resultados tampoco fueron favorables. Si bien debutó con triunfo sobre Emelec, luego perdió todos sus partidos contra River, DIM y el propio conjunto ecuatoriano.
En la edición 2018, Melgar tenía la gran oportunidad de avanzar al menos a la Fase 3 del torneo al cruzarse con el Santiago Wanderers de la Segunda División de Chile, pero el Dominó igualó 1-1 como visitante y posteriormente cayó 1-0 de local.
Al año siguiente, sucedió la mejor participación de Melgar en una Libertadores en el presente milenio. El equipo de Jorge Pautasso eliminó a la U de Chile en la Fase 2 y luego al Caracas en la Fase 3 para convertirse en el club peruano en avanzar a la fase de grupos desde el nuevo formato de fase previa.
En la fase de grupos, Melgar dio pelea ante Palmeiras, San Lorenzo y Junior, y acabó clasificando a la Sudamericana tras acabar como tercero del Grupo F. Fue clave el triunfo en la última fecha ante el Tiburón en Barranquilla.
Cuatro años después, el Rojinegro volvió a la Libertadores tras ser subcampeón nacional y alcanzar unas históricas semifinales de CONMEBOL Sudamericana. Si aquello no fuese suficiente, el sorteo fue benévolo al cruzarlo con Olimpia, Atlético Nacional y Patronato, clubes con los que la diferencia de nivel no era tan grande como hubiese sido enfrentar a un club brasileño o un argentino de Primera División.
Lo cierto es que Melgar fracasó estrepitosamente al no aprovechar su condición de local y solo ganarle al Patronato, de la Segunda División de Argentina. Sus cuatro puntos sumados no le alcanzaron para acabar como tercero y al menos clasificar a la Sudamericana, a la que sí acabó clasificando el conjunto argentino.
Un año después y tras no acabar entre los tres primeros de la pasada Liga 1, Melgar debe arrancar la Libertadores 2024 desde la Fase 1. El primer cruce no parece ser tan complicado ante el Aurora de Bolivia, pero los retos asoman mayores en las siguientes etapas. En caso de avanzar, se enfrentará al Botafogo de Tiago Nunes en la Fase 2 y posiblemente al también brasileño Bragantino en la Fase 3.