Gil llegó a la presidencia en junio de 1987 cuando ganó, con el portugués Paolo Futre de estandarte, las elecciones celebradas tras la muerte del anterior presidente, Vicente Calderón.

Gil, que vio como su equipo perdía la Copa del Rey al día siguiente de los comicios, revolucionó el club. Fichó al técnico argentino César Menotti y a jugadores significativos del fútbol español de aquellos años como Marcos Alonso, López Ufarte, Goicoechea y Julio Salinas.

El primer proyecto de Gil terminó con un tercer puesto en la Liga y tras él llegaron varios fracasos que llevaron a que el presidente batiera récords de entrenadores destituidos, con ocho entrenadores, uno de ellos en tres ocasiones, en tres temporadas.

En 1991 Gil consiguió su primer título con el Atlético, la Copa del Rey, ante el Mallorca, en el Bernabéu, 1-0 y al año siguiente retuvo el título, en el mismo estadio, ante el Real Madrid.

Al final de esa temporada Gil se convirtió en dueño del club con su conversión en sociedad anónima deportiva y evitó, al comprar las acciones, que el club descendiera de categoría.

La conversión en sociedad anónima es lo que inició un proceso judicial que está todavía abierto. En 1999 se apartó a Gil de la presidencia mientras se investigaba una querella contra Gil y seis personas más, entre ellas su hijo Miguel Angel, director general del club, por el supuesto fraude de unos 4.000 millones de pesetas y una presunta apropiación indebida de cerca de 9.000 millones.

Gil fue condenado, en febrero de este año, a tres años y medio de prisión y la orden de depositar las acciones del club de las que es propietario en una sentencia que se encuentra recurrida tanto por la defensa como por la fiscalía.

Tras su segunda copa, Gil volvió a realizar frecuentes cambios de técnico que hicieron que por el banquillo del Manzanares pasaran, en tres temporadas, once entrenadores. Fueron campañas sin éxitos, en las que el Atlético estuvo a punto de bajar a segunda en dos temporadas.

Gil fichó al serbio Radomir Antic en la temporada 1995/96, que fue el que dirigió al Atlético la temporada que consiguió el 'doblete'. Con un equipo que no contaba al inicio de la temporada, se consiguió la Copa en frente al Barcelona, y la liga en el último partido de la temporada.

Diez años después de llegar a la presidencia, Gil consigue que su equipo juegue la Copa de Europa, donde llegó a cuartos de final y cayó en la prórroga frente al Ajax.

Pese a lo fichajes de los siguientes años, en los que llegaron el brasileño Juninho y el italiano Vieri, el Atlético realizo malas campañas.

El 22 de diciembre de 1999 el club fue intervenido judicialmente por orden de la Audiencia Nacional que nombró un administrador judicial y apartó a Gil de la presidencia. Esa temporada el Atlético descendió a Segunda en la penúltima jornada.

El club, pese al apoyo de una afición que incremento su apoyo y su número con el descenso, necesitó dos años para lograr el ascenso. Logró regresar a la máxima categoría, en la que este año celebra el centenario de su nacimiento.