Dos títulos bañan los logros de Gonzalo Quesada como entrenador y los números no le son esquivos a sus 44 años. Si bien su carrera comenzó en 2008 como entrenador de pateadores y uso del pie en el seleccionado de Francia que dirigía Marc Lièvremont, su primer reto lo tuvo en Racing 92.
El entrenador que se formó en Hindú como jugador llegó en 2011 al equipo parisino luego de la Copa del Mundo, como ayudante de Pierre Berbezier. Ante la ida de su compañero, Quesada quedó al frente del equipo para la temporada 2012-2013.
En su primera incursión como conductor terminó sexto en el Top 14, cayó en cuartos de final con Toulouse 33-19 y sumó 16 triunfos y 11 derrotas. En la Copa de Europa compartió el Grupo 1 con Saracens, Munster y Edinburgh y quedó eliminado en primera ronda con 3 triunfos e igual cantidad de partidos perdidos.
Cambio de club pero no de ciudad, se mudó al Stade Français donde llegarían sus mejores años como entrenador y los títulos. Estuvo al frente 4 temporadas y ganó el Top 14 2014-15 y la Challenge Cup 2016-17. Como su vida dentro de la cancha, el destino quiso que los 4 penales de Morné Stein sean los puntos suficientes para dar su primera vuelta olímpica. Los parisinos doblegaron 12-6 a Clermont. De esta manera, se convirtió en el primer argentino en ser campeón como entrenador en el exterior.
En la Challenge que obtuvo clasificó segundó en el Grupo 5 donde tuvo que lidiar con Edinburgh, Harlequins y Timisoara. Cosechó 4 triunfos y 2 caídas e ingresó a cuartos de final como el octavo clasificado. Viajo a Galés en cuartos de final y se impuso a Ospreys 25-21. En semifinales venció 28-25 a Bath como local y definió el título ante Gloucester inglés, en el Murrayfield de Escocia, a quien venció 25-17.
Estuvo sentado en el banco del Stade 132 partidos de los cuales ganó 69, empató 3 y perdió 60, pero sorpresivamente no renovó contrato y se fue del club.
El desafío del año 2017 fue el Biarritz con un proyecto ambicioso que no llegó a buen puerto. El equipo vasco finalizó sexto en el Prod2, con 17 triunfos y 13 derrotas. En cuartos de final cayó ante Grenoble 33-26 y se perdió la ilusión del ascenso al Top 14. Fueron 31 partidos con 17 triunfos y 14 traspiés.
A lo largo de su carrera dirigió 196 partidos de los cuales ganó 105, empató 3 y perdió 88. Por Top 14 de Francia acumuló 134 partidos con 69 victorias, 3 empates y 62 derrotas. En copas europeas, tanto Champions como Challenge, los números dicen que se llevó el triunfo en 19 ocasiones y cayó en 12, sobre 31 presentaciones. Los números que lo llevaron a Gonzalo Quesada a ser el nuevo entrenador de Jaguares.