Daniel Muñoz llegó a Atlético Nacional para la Liga Colombiana 2019-II, debutó ante Once Caldas en Manizales en la primera fecha y ya en la quinta jornada podría celebrar su primer tanto con el club. El de Amalfi cumplía su sueño, pues en toda su adolescencia fue fiel seguidor ‘Verdolaga’ alentando desde la tribuna popular sur del Atanasio Girardot.
Su primera víctima fue el Atlético Huila y su portero Geovanni Banguera. El 7 de agosto Muñoz aportó un gol, el tercero al minuto 82’, en el triunfo 4-1 sobre los ‘Opitas’. El antioqueño recibió en el área una asistencia de Hernán Barcos y sobre la zona del punto penal giró y remató enviándola al fondo de la red.
Cúcuta Deportivo fue la víctima preferida por Daniel Muñoz mientras estuvo en Atlético Nacional. En la fecha 11 del Finalización 2019 hizo un gol de camerino en el Atanasio, iban 25” segundos de juego y tras un centro de Vladimir Hernández, la envió con un certero testazo. Al final el juego terminó 2-3 con victoria de la visita. Ya en cuadrangulares semifinales Muñoz le propinaría un doblete a los ‘Motilones’ en la victoria local 3-1. De nuevo con dos goles de cabeza, primero al minuto 51’ donde apenas la tuvo que empujar tras asistencia del ‘Indio’ Ramírez y luego al 59’ tras centro de Jarlan Barrera.
El Deportes Tolima se ha convertido en los últimos años en la ‘bestia negra’ de Atlético Nacional, incluso en juegos disputados en Medellín, sin embargo, gracias a un tanto del jugador de Amalfi, los ‘Verdolagas’ celebraron en casa por la fecha 13. En aquella oportunidad llegó por el centro del área y remató venciendo a Álvaro Montero, luego de un pase de Helieblton Palacios.
Muñoz también cumplió con la ley del ex y ante Rionegro Águilas anotó en lo que fue un completo golazo apenas entrando a las dieciocho. Tras la anotación que significó el triunfo al club verde, el jugador decidió no celebrar en muestra de respeto.
El último gol por Liga que anotó Daniel Muñoz con la camiseta de Atlético Nacional se dio ante Atlético Junior, descontando en ese momento en su estadio en un juego que por cuadrangulares terminó 2-2. De nuevo definió entrando al área y concretando desde el borde de las cinco con cincuenta.
El único tanto que sumó el nuevo jugador del KCR Genk de Bélgica durante 2020 lo hizo en campo internacional. No podía ser en otro escenario distinto al Atanasio Girardot y se lo anotó a Huracán de Argentina por la Copa Conmebol Sudamericana. Con la banda de capitán puesta, Muñoz aprovechó el espacio y es pase de Andrade para definir rastrero ante Antony Silva. Fue el primero de la goleada 3-0 sobre los argentinos.