Los antecedentes de Monarcas Morelia se remontan a 1950, año en el que se creó el patronato Pro Equipo de Segunda División en el estado, se cumplió con la inscripción ante la Federación Mexicana de Futbol, se acondicionó el Campo Morelia y se hizo una consulta para el nombre, en la que se decidió de manera unánime bautizarlo como Club Deportivo Morelia.
Los colores del escudo de armas de la ciudad, azul rey, amarillo y rojo, fueron los elegidos para formar parte de la indumentaria del equipo, que conformó parte de la primera temporada de la Segunda División (1950-51), en la que participaron junto con Irapuato, Pachuca, Querétaro, Toluca, Zacatepec y Zamora.
Primeros títulos y ascenso a Primera División
Bajo la dirección técnica de José Moncebáez, Deportivo Morelia ganó frente al Laguna su primer trofeo, el del Torneo de Copa de la Segunda División de la Temporada 1955-56, y también alzó el Campeón de Campeones de ese mismo ciclo luego de vencer a Monterrey.
En la campaña 1956-57, Morelia consiguió el ascenso a Primera División, gracias que Puebla se retiro del máximo circuito por problemas económicos y a que se realizó una doble promoción para cubrir su ausencia, misma que consiguieron tras quedar subcampeones de la competición con 33 puntos, uno por encima de San Sebastián y a la misma distancia por debajo del campeón Zamora.
Descenso y reestrucrura
Once años más tarde, en la Temporada 1967-68 el equipo purépecha sufrió de una mal año futbolístico, sumó únicamente 17 puntos en 30 partidos y consumó la pérdida de categoría el 25 de enero ante Cruz Azul en el Estadio 10 de Diciembre, luego de caer 2 a 0.
Previo al arranque de la campaña 1974-75, Morelia se encontró a punto de desparecer, sin embargo un grupo de 33 empresarios se asociaron para dar una nueva estructura al equipo, cuya meta era regresarlo a la Primera División bajo el nuevo nombre de Club Atlético Morelia, y que se cumplió cinco años más tarde.
Nuevo dueño y regreso a la Primera División
Bajo la dirección de Diego Malta, Morelia consiguió nuevamente el ascenso luego de vencer al Tapatío con marcador global de 2 a 1 en la Final de la Segunda División de la campaña 1980-81.
En ese mismo lapso, Nicandro Ortiz, exdueño más reciente del club, apareció como accionista de la entidad, compró el resto de acciones en ese mismo lapso y se convirtió en único dueño a finales de la campaña.
Mudanza al Estadio Morelos y la compra por parte Grupo Salinas
El equipo, que hasta entonces jugaba en el Estadio Venustiano Carranza, se mudó al Estadio Morelos para la Jornada 28 de la Temporada 1988-89 y el primer partido fue una victoria 2 a 1 frente al América, con doblete de Juan Ángel Bustos.
En febrero de 1996, Grupo Salinas, encabezado por Ricardo Salinas Pliego, cerró las negociaciones para adquirir la franquicia del Club Atlético Morelia, con la finalidad de "consolidar el futbol michoacano como pilar del deporte".
Monarcas Morelia y el primer campeonato de liga
En agosto de 1999, el club michoacano cambió a Monarcas Morelia, en honor al escudo de armas de la antigua Valladolid, en el que se aprecian tres reyes con un cetro en sus manos.
El hito máximo que el club ha conseguido se gestó en la Final del Torneo Invierno 2000, en la que Monarcas se alzó como campeón por vez primera en su historia luego de llevar a Toluca hasta la muerte súbita en la tanda de penales y vencer sobre el césped del Estadio Nemesio Diez.
El mejor club del mundo
En abril del 2002, Monarcas Morelia alcanzó la gloria del futbol mundial al ser considerado por la Federación Internacional de Historia y Estadística (IFFHS por sus siglas en inglés) como el mejor equipo del mundo.
Para que se dieran dichos resultados, fue necesario que Morelia tuviera una destacada participación en la Copa Libertadores de aquel año, aunado al gran momento que vivía en el torneo de liga, luego del cambio de timón que sufrieron con la llegada de Rubén Omar Romano.
Monarcas en Copa MX
La nueva era de la Copa MX comenzó en el Apertura 2012 y un año más tarde la conquistó por primera y única vez hasta la fecha, luego de vencer 3 a 1 al Atlas.
Hasta el Clausura 2020, Morelia ha disputado 64 torneos en la Primera División, ha disputado cuatro finales de liga, tres de copa, y ha participado en dos Concacaf Liga de Campeones, en 2002 y 2003.
En torneos cortos ha finalizado como líder en dos ocasiones (Clausura 2003 y 2005), y su marca máxima de puntos asciende a 35, en los mismos torneos mencionados.