Junior cerró la fase de grupos de la Conmebol Libertadores con derrota por 3-1 en Brasil ante Flamengo. Fue superado por un equipo alternativo del campeón y se metió en la Sudamericana por la victoria de Independiente Del Valle frente al colero Barcelona.
La fragilidad en defensa y los problemas para llevar la pelota al área terminaron con los planes de avanzar a los octavos. El equipo de suplentes que presentaron los brasileños resultó superior a la propuesta ofensiva del conjunto tiburón con Edwuin Cetré, Teo Gutiérrez, Luis González y Miguel Borja.
Junior fue débil por los costados explotados por Rene y Matheus. Los goles que sentenciaron su cuarta derrota en la fase de grupos los facilitaron las flojas respuestas de sus centrales Willer Ditta y Daniel Rosero por sus malos despejes y anticipos tardíos.
A los cuatro atacantes que puso el técnico Amaranto Perea en la cancha tuvieron pocas asistencias desde el mediocampo para inquietar al campeón en el Maracaná. La única salida con criterio partió de una escapada de Gabriel Fuentes que dejó mano a mano a Teo Gutiérrez para el descuento.
Flamengo apagó la reacción con otro frentazo desde un córner para el 3-1.
La victoria de 2-0 Independiente Del Valle ante Barcelona en Quito clasificó al conjunto colombiano a la Conmebol Sudamericana, premio de consuelo para una campaña en la que en seis encuentros, sumó dos victorias con 12 goles en contra y ocho a favor.
Por cuarta vez consecutiva Junior terminó la Conmebol Libertadores sin avanzar a los octavos de final. En 2017 quedó en la fase previa de grupos tras la eliminación frente Atlético Tucumán. En 2018 fue tercero de su zona, en 2019 colero y este año regresa a la Conmebol Sudamericana.
La última vez que avanzó de ronda fue en 2011. Clasificó primero sobre Gremio, Oriente Petrolero y León de Huánuco. En los octavos cayó frente al Jaguares mexicano.