Fabián Bustos puso fin a su segundo ciclo al frente de Barcelona después de perder 3-1 contra Emelec en el Clásico del Astillero. Volvió a dirigir al club en septiembre de 2022 y 9 meses después deja el equipo.
El argentino no tuvo un paso exitoso en su regreso al equipo, contrario a lo que logró cuando asumió por primera vez al equipo guayaquileño. Si bien alcanzó la final de la LigaPro 2022, no pudo levantar ningún título en estos meses.
En 2022 salió en buenos términos por una oferta del Santos de Brasil, pero en esa liga no la pasó bien. Con la salida de Jorge Célico, Bustos lo reemplazó para dirigir los últimos 6 partidos de la segunda etapa y las finales contra Aucas.
Para esta temporada fue ratificado, con los objetivos de lograr el título 17 y conseguir una buena participación en la CONMEBOL Libertadores. No logró ninguno de los dos, pues quedó fuera de la pelea por la primera etapa y en el torneo continental pelea por el tercer lugar para ir a la Sudamericana.
En su primer ciclo, entre 2020 y 2022, ganó el título nacional en la final contra Liga de Quito. En la Libertadores de 2021 alcanzó las semifinales y perdió con el poderoso Flamengo. En total dirigió 93 partidos ganó 47 partidos, empató 22 y perdió 24.
Mientras que en este segundo ciclo tuvo un rendimiento menor: dirigió 25 partidos, ganó 10, perdió la misma cantidad y empató 5 veces.