Cristian Rodríguez terminó su vínculo con Peñarol y el club decidió no renovar el contrato del volante de 35 años. El “Cebolla” llegó en 2017 al club de sus amores, luego de una etapa poco fructífera en Independiente y se puso el equipo al hombro para lograr un bicampeonato en Uruguay y recuperar el amor de la hinchada aurinegra tras su tumultuosa salida al PSG en 2005.
“Estoy muy contento, era algo que esperaba hace mucho tiempo. Hice una promesa y acá estoy. Me encontré con un grupo unido, que está muy metido y en el que son conscientes de lo que está pasando el club”, indicó el día de su presentación, en febrero de 2017.
Temporada 2017
Aquel Peñarol se preparaba para el comienzo de la era de Leonardo Ramos al frente del plantel y contaba con jugadores como Nahitan Nández, Lucas Hernández, Guzmán Pereira o Junior Arias. Ese Apertura, el Aurinegro terminó tercero y el campeón fue Defensor, pero Rodríguez fue importante para el club, con tres goles y cinco asistencias en 12 partidos. La actuación en la Copa CONMEBOL Libertadores fue mala, con cuatro derrotas y dos victorias, que dejaron eliminado a Peñarol.
En el Torneo Intermedio, Rodríguez siguió en buena racha y marcó tres goles en los cinco partidos que disputó, aunque al Carbonero no le alcanzó para liderar su serie, que ganó Defensor.
El Clausura 2017 tuvo la llegada de grandes jugadores: Walter Gargano, Maxi Rodríguez, Guillermo Varela, Lucas Viatri o Fabricio Formiliano. Ahí fue donde Ramos le sacó el máximo jugo a su equipo y donde Rodríguez se mostró a su máximo potencial, marcando nueve goles en diez partidos (se perdió cuatro por la selección uruguaya y uno por lesión) en el torneo en que tomó la cinta de capitán. Peñarol dominó el Clausura con 14 victorias y se metió en la definición contra Defensor, al empatar en la cima de la Tabla Anual. En el partido de desempate marcó un agónico gol de cabeza en el minuto 93’ que le dio la ventaja al Mirasol de cara a la final, la que se llevó por penales para levantar el título. El “Cebolla” fue el máximo anotador del Carbonero a lo largo del año con 16 goles, ya que el principal goleador del Campeonato Uruguayo fue su compañero Cristian Palacios, pero hizo 19 de sus 29 goles en Wanderers.
Temporada 2018
En el segundo año del “Cebolla” en Peñarol, el equipo repitió el título del Campeonato Uruguayo. El año comenzó con el pie derecho con el triunfo en la primera Supercopa ante Nacional, con gol de Rodríguez. En el primer semestre de 2018, Nacional se quedó con el Apertura a pesar de una buena campaña del Carbonero, que terminó dos puntos abajo, donde el lacacino marcó cinco goles.
El Intermedio vio a Peñarol quedar a un punto de Torque en el Grupo B, aunque el volante solo pudo estar en dos partidos por estar afectado a la selección uruguaya, que se preparaba para la Copa del Mundo de Rusia. Igualmente, le dio para marcar un gol contra River Plate.
Para en el Clausura, ya con Diego López como entrenador, Peñarol volvió a dominar y lo ganó con luz, con Rodríguez aportando tres goles. El Mirasol también se quedó con la Tabla Anual y el “Cebolla” volvió a ser protagonista en la definición contra Nacional, marcando el gol del título de penal en el minuto 120 del tiempo extra para el 2 a 1 final.
Temporada 2019
El tercer año de Rodríguez fue el primero en el que empezó a tener lesiones de forma más recurrente. Durante el Torneo Apertura estuvo cinco partidos de baja aunque Peñarol tuvo lo suficiente para quedarse con el título con un aporte de tres goles más del capitán.
Las participaciones en copas internacionales del Mirasol volvieron a ser malas, sin pasar de ronda en la Libertadores y quedando afuera de la Copa Sudamericana en octavos de final contra Fluminense. En el Torneo Intermedio, solo pudo estar en tres de los siete partidos, mientras que en el Torneo Clausura volvió a perderse cinco juegos pero marcó tres goles. El Carbonero empató en puntos en la primera posición con Nacional pero cayó en el desempate, donde no pudo estar por lesión. Cuatro días más tarde, tampoco fue de la partida en la final que coronó al Tricolor con el título del Campeonato Uruguayo, ya que no ingresó desde el banco de suplentes.
Temporada 2020 (estirada hasta 2021)
En la temporada 2020, Cristian Rodríguez no estuvo para el debut de Diego Forlán como entrenador ante Cerro, pero sí apareció en la segunda jornada. En ese torneo el “Cebolla” fue titular en tres ocasiones de los diez partidos que jugó. Peñarol tuvo una campaña magra entre Forlán y Mario Saralegui, que asumió en la fecha 10 ante Liverpool.
En el Intermedio, el volante se perdió un partido (ante Fénix) por lesión, pero jugó los seis restantes, de los que fue titular en cuatro. Peñarol obtuvo cuatro triunfos y tres derrotas en esa competición y no peleó por la cima del grupo.
En la Libertadores, solo participó de dos juegos: los triunfos ante Colo Colo y Athlético Paranaense como local, que no le sirvieron a Peñarol para pasar de ronda.
El Torneo Clausura, último torneo de Rodríguez en el Mirasol, con la dirección de Mauricio Larriera, lo vio relegado a un papel secundario en el equipo. Se perdió cinco partidos: uno por la expulsión en el clásico ante Nacional, dos por lesión y en otros dos estuvo en el banco y no saltó a la cancha. De los 15 partidos, fue titular apenas una vez, en la primera fecha. Sus minutos fueron cayendo con el paso de los partidos, a tal punto que entre las últimas cuatro fechas combinadas jugó 38’.
Peñarol anunció que no renovará el contrato de su capitán y el jugador ya mencionó que buscará seguir jugando en otro club, ya que no quiere cerrar su carrera aún, a los 35 años. En este segundo paso por el Carbonero, sumó dos títulos del Campeonato Uruguayo al que ya había ganado en 2003 y cerró su historia en el club que lo vio debutar en Primera y del que se transformó en un símbolo de últimos años.