En la jornada inicial del Seis Naciones, Escocia venció a Gales por 27 a 26 en el Principality de Cardiff y Duhan van der Merwe fue el encargado de facturar un doblete. De esta manera, el wing logró marcarle a todos los seleccionados que disputan el certamen europeo. Reviví el partido en Star+.
La primera víctima de Van der Merwe fue Irlanda en el encuentro válido por el tercer puesto del Autumn Nations Cup 2020, en lo que fue derrota 31-16.
Luego, en el Seis Naciones 2021 el back fue clave y aportó un try en la histórica por 11-6 ante Inglaterra, lo que permitió obtener la Copa Calcuta en un triunfo del Cardo en Twickenham en 37 años. Mientras que en el mismo año marcó por duplicado frente a Italia en un partido que finalizó 52-10.
Por último, tuvo un rol determinante en el partido que Escocia le ganó a Francia por 27 a 23 en el que apoyó dos tries y le permitió levantar el trofeo a Gales.