Luego que ESPN dio a conocer que el español fue candidato para ser el entrenador de Atlas, la institución lo confirmó de cara al Clausura 2024
Atlas oficializó la llegada del estratega español Beñat San José, quien ocupará la vacante que dejó el mexicano Benjamín Mora luego de no clasificar a la fase final del Apertura 2023 con el equipo rojinegro.
Beñat San José encajó en el perfil de Grupo Orlegi al ser un técnico joven, pues el español tiene 44 años de edad, así como con conocimiento del futbol tras su paso en varios países, como España, en el que digirió a las inferiores de la Real Sociedad, así como Arabia Saudita, Chile, Bolivia, Emiratos Árabes, Bélgica y México con Mazatlán FC.
En el Apertura 2021 de la Liga MX, Beñat San José dirigió 16 juegos, en los que cosechó 19 puntos y cerró la fase regular con dos derrotas. Su inicio fue prometedor en Mazatlán FC con victoria sobre Cruz Azul como visitante. También le ganó a Pachuca y sacó empates tanto contra Monterrey como Pumas.
Para el Clausura 2022, dirigió ocho juegos y obtuvo siete puntos de 24 posibles. Lo mejor de aquel torneo para su cause fue una victoria sobre América.
Dentro de sus logros Beñat San José luce un bicampeonato con Bolívar, club en el que dejó su nombre con letras de oro, y del llega procedente para tomar las riendas de Atlas.
Beñat San José conocerá a sus jugadores e 4 de diciembre, pues que en esta fecha reportarán los jugadores en la Academia Aga para exámenes médicos y físicos de cara a pretemporada del Clausura 2024.