Ocho meses después, Mariano Soso vuelve al fútbol peruano para asumir el reto que significa Alianza Lima, club que ya lo quiso con anterioridad antes de su llegada para lo que resta del Clausura de la Liga 1.
Tras dejar el Sport Recife de Brasil, el entrenador de 43 años llega a Alianza con el objetivo de ganar el Clausura y así tentar la posibilidad de llevarse el título de la Liga 1 en el año del centenario de Universitario.
El vínculo de Mariano Soso con el fútbol peruano arrancó en 2013 cuando llegó de la mano de Claudio Vivas para asumir una especie de interinato en Sporting Cristal. El DT que quería el club rimense era Daniel Ahmed, pero como su vínculo recién acababa a finales de ese año, el histórico asistente de Marcelo Bielsa asumió la dirección técnica con Soso como asistente.
Pese a la salida de Vivas, Soso siguió en Sporting Cristal, pero ahora como asistente de Ahmed. Aquel año el conjunto rimense se llevó el título nacional en una definición de infarto ante Juan Aurich.
Para el 2015, el rosarino consideró que ya estaba para asumir como entrenador principal y Real Garcilaso le dio la oportunidad. En el Apertura de aquel año, el conjunto cusqueño cumplió una gran campaña, pero una derrota por 4-0 como local ante Sporting Cristal por la antepenúltima fecha provocó su salida del club hoy conocido como Cusco FC.
Ante el alejamiento de Daniel Ahmed a finales de 2015, Sporting Cristal apostó por Mariano Soso en el 2016 y si bien consiguió el título nacional de aquel año, los fuertes cuestionamientos hacia su trabajo provocaron que decida dar un paso al costado de cara a la temporada 2017.
Un día después de conseguir el título nacional, el DT argentino aseguró que su salida de Cristal se dio por "un desgaste irreversible" para las "exigencias a corto y mediano plazo que tiene la institución".
En 2023, la dirigencia de Melgar apostó por Mariano Soso tras cuatro derrotas seguidas de Pablo Lavallén en el arranque de la temporada. El DT tenía el objetivo de reconducir el camino del Dominó en el Apertura y hacerlo competitivo en la CONMEBOL Libertadores, sin embargo, no logró ni uno ni lo otro. El equipo acabó noveno en el primer torneo corto de aquel año, a 17 del ganador Alianza Lima, mientras que el torneo continental acabó último y ni siquiera pudo clasificar a la Sudamericana.
En el Clausura, Melgar fue protagonista, pero una serie de empates y derrotas ante Universitario y Sport Huancayo como local terminaron sentenciando sus chances en ese torneo e impidiéndole luchar por el título nacional.
En su vuelta al fútbol peruano, Mariano Soso tiene como primer objetivo el imponer su impronta a sus dirigidos y que Alianza Lim consiga buenos resultados en el camino, considerando que se le viene partidos complicados como ante Sporting Cristal y Los Chankas en Andahuaylas.