Eddie Jones fue anunciado como el nuevo entrenador de Australia tras el repentino despido de Dave Rennie de su puesto como head coach. Será el segundo ciclo del australiano, que ya dirigió a los Wallabies entre 2001 y 2005.
En el año 2001, Eddie Jones fue entrenador de Australia A en la victoria ante los British & Irish Lions, lo que le valió el puesto de head coach del primer equipo luego del retiro de Rod Macqueen. En su primer mandato en los Wallabies, disputó 57 partidos. Ganó 33, perdió 23 y empató 1, teniendo un promedio de efectividad del 57,89%.
Con Eddie Jones de head coach, los Wallabies ganaron el Tres Naciones del 2001 y lograron el subcampeonato mundial en la Copa del Mundo del 2003 que se disputó en Australia. En semifinales, derrotaron a los All Blacks por 22 a 10 y en la final cayeron ante Inglaterra por un ajustado 20 a 17, que se definió con el drop de Wilkinson en tiempo extra.
Luego del exitoso Mundial de Eddie Jones con Australia, se prolongó su contrato de entrenador hasta la cita mundialista del 2007. Sin embargo, en el año 2005, una seguidilla de siete derrotas consecutivas y una gira con ocho derrotas en nueve encuentros, significaron el final del primer ciclo de Jones al mando de los Wallabies.