Anunciado en abril de 1999 como entrenador y presentado en mayo al frente de la selección uruguaya, el argentino llegó para buscar la clasificación a un torneo mundialista después de dos instancias sin participación. Su llegada fue cofinanciada por el empresario Francisco Casal y la aventura en Uruguay terminó con un juicio a la AUF y un embargo.
Eugenio Figueredo, Eduardo Ache y Juan Pedro Damiani fueron a hablar con Daniel Passarella a Buenos Aires para terminar de cerrar el contrato que contaba con el apoyo de Francisco “Paco” Casal. La oferta final fue de un millón de dólares al año para el entrenador argentino. Seis años después le ofrecieron a Óscar Tabárez 25 mil dólares por mes para todo el cuerpo técnico.
En junio de 1999, en la Posta del Lago, vieja sede de entrenamiento de la selección uruguaya, Passarella tuvo la posibilidad de entrenar por primera vez con un grupo de jugadores de la selección.
El argentino decidió ver la Copa América de 1999 en la tribuna dejando el trabajo oficial para Víctor Púa que venía con el exitoso proceso de juveniles latente. Púa le dio continuidad y participación a varios de los futbolistas del mundial de Malasia y Uruguay fue vicecampeón en Paraguay, perdiendo la final con el Brasil de Ronaldo, Roberto Carlos, Cafú y Rivaldo en su mejor momento.
Passarella estuvo 14 partidos al frente a de la selección mayor de Uruguay, gano seis, empató 4 y perdió cuatro juegos.
El 18 de agosto se produjo el debut de Passarella como técnico celeste en un amistoso frente a la selección de Costa Rica. Uruguay ganó cinco a cuatro en el Centenario con jugadores como Paolo Montero, Recoba y Fabián Oneil.
Jugó tres amistosos más antes del comienzo de las eliminatorias, una victoria frente a Venezuela dos a cero, empate con Ecuador 0 a 0 y derrota en el Campus frente a Paraguay uno a cero.
Los hinchas de la selección, por aquel momento, identificados a las selecciones juveniles de Víctor Púa, marcaron un distanciamiento con la mayor, llegaron a silbar a la selección de Passarella que se tuvo que ir a jugar a Maldonado el último amistoso.
El entrenador argentino tenía acordados amistosos en Europa y hasta le prometieron una gira para jugar frente a equipos italianos y españoles pero nunca se materializó.
La economía del fútbol uruguayo había cambiado, se había firmado el primer contrato con la televisión en 1998 y los clubes habían perdido las riendas de la organización en general.
Eliminatorias
En las eliminatorias rumbo a Corea Japón 2002 Uruguay debutó ganando frente a Bolivia uno a cero, posteriormente perdió con Paraguay. En la siguiente doble fecha, ganó frente a Chile y empató en Río de Janeiro uno a uno frente a Brasil.
No eran malos los resultados para la selección del argentino. Fueron tres derrotas en diez partidos por eliminatorias, frente a Paraguay, Colombia y Argentina.
Los dos últimos partidos de Passarella fueron una derrota con Argentina de visitante y un empate frente a Bolivia jugando en la altura.
La renuncia
El 20 de febrero del 2001 Daniel Alberto Passarella renunció a su cargo de entrenador en Uruguay. Lo que se transformó en una pulseada por los jugadores de Nacional que fueron solicitados para la Selección (caso Vicente Sánchez) fue el detonante de la renuncia.
Dijo Passarella en la conferencia de prensa “He presentado mi renuncia indeclinable", agregó que se debía "a diferencias prolongadas y sistemáticas con el club Nacional de fútbol", que en aquel momento dirigía Hugo de León.
El juicio
AUF y Passarella fueron a juicio por el contrato, incluso la Asociación llevó el tema a la FIFA. Después de embargar la casa y el yate del entrenador y de intimar al técnico a reintegrar dinero por incumplimiento de contrato, el argentino aceptó reintegrar 700 mil dólares (Tenfield se hizo cargo de 500 mil dólares) y las partes lograron un acuerdo.