Nacional y Boca Juniors se han enfrentado en más de 60 oportunidades a lo largo de la historia desde 1917, teniendo un historial muy parejo y habiéndose cruzado cuatro veces en la CONMEBOL Libertadores.
Según detalla el sitio web Atilio (sitio oficial de la Comisión de Historia y Estadística del Club Nacional de Football), el equipo uruguayo y el argentino jugaron por primera vez el 18 de marzo de 1917 en un amistoso que se disputó en el Gran Parque Central de Montevideo, ganando el elenco local por 5-2 con goles de Carlos Scarone (6’ y 40’), Ángel Romano (20’ y 70’), y Héctor Scarone, descontando para la visita Canaveri (42’) y Amores (85’).
La primera vez que se enfrentaron por un título fue el 16 de mayo de 1920, nuevamente en el escenario tricolor. El Bolso se quedó con la Copa Río de La Plata Dr. Ricardo Aldao 1919 al ganar por 3-0.
A su vez, Nacional fue invitado en 1924 para la inauguración del Estadio de Boca Juniors, club que el seis de julio de ese año jugó su primer partido en el terreno de Brandsen, Del Valle Iberlucea (llamada entonces Del Crucero), Aristóbulo del Valle y las vías del ferrocarril. Los Xeneizes vencieron 2-1 a los Tricolores en su escenario de madera que utilizó hasta 1938 (el 25 de mayo de 1940 se inauguró en ese mismo terreno La Bombonera, escenario ya de cemento).
El partido número 50 entre estos dos equipos fue el primero en el marco de torneos organizados por la CONMEBOL: el 3 de octubre de 1991 jugaron en La Bombonera por la ida de los Octavos de final de la Supercopa e igualaron 1 a 1 (Walter Pico anotó el gol local, y el panameño Julio César Dely Valdés el visitante). En la revancha, jugada en el Estadio Centenario cinco días más tarde, Nacional ganó 2-0 con tantos de Venancio Ramos y Héctor Morán, y se clasificó a Cuartos.
Luego de algunos amistosos sobre fines del Siglo XX, estos clubes volvieron a enfrentarse oficialmente por la fase de grupos de la Copa MERCOSUR del año 2000, igualando 1-1 por la tercera fecha en La Bombonera (el gol local fue de Martín Palermo, y el de Nacional fue en contra del Patrón Jorge Bermúdez), y empatando 3-3 en la última jornada (doblete de Pablo Islas y un tanto de Mario Regueiro para Nacional, dos goles del Chipi Antonio Barijho y otro de Hernán Medina para la visita en el Centenario).
El equipo de Carlos Bianchi avanzó al terminar primero en el Grupo D, mientras que los dirigidos por Hugo De León fueron eliminados pese a terminar en la segunda posición.
Asimismo, en la CONMEBOL Sudamericana 2006 se midieron por un lugar en los Cuartos de final, debiendo definir la llave de Octavos por penales luego de que cada uno ganara como local por 2-1. Los goles tricolores en la llave fueron de Marcelo Tejera y Diego Alonso en la ida, y de Diego Perrone en la revancha; mientras que Rodrigo Palacio (en ambos partidos) y Nicolás Bertolo marcaron para los argentinos. En Salta, y con un plantel diezmado por las paperas, el Bolso venció 3-1 en la tanda de penales y se clasificó a la siguiente instancia.
Por su parte, en el 2013 se enfrentaron por primera vez en la CONMEBOL Libertadores, integrando el Grupo 1, zona donde también estaban Toluca de México y Barcelona de Guayaquil. Nacional ganó en La Bombonera 1-0 (gol de Andrés Scotti), y Boca venció en el Centenario (1-0 con tanto de Juan Román Riquelme); ambos equipos (los uruguayos en la primera posición) clasificaron a los Octavos de final.
Además de jugar de manera extraoficial en el 2014 y 2017 (amistosos en el Centenario y en Ciudad del Este de Paraguay, respectivamente), el Xeneize y los Tricolores también jugaron por los Cuartos de la Libertadores 2016. El 12 de mayo en el Gran Parque Central, Frank Fabra abrió el marcador para la visita a los 69’, pero Sebastián ‘Papelito’ Fernández puso el 1-1 a los 76'.
En la revancha también fue empate 1-1 (goles del Cata Díaz en contra a los 20’, y de Cristian Pavón a los 72’), por lo que hubo definición por penales. En esta ocasión, Boca venció 4-3 en los remates desde los doce pasos y se clasificó a las semifinales, instancia donde sería eliminado por Independiente del Valle.
Hasta el momento, y contando encuentros amistosos, Boca y Nacional se han enfrentado en 64 partidos, ganando cada uno en 22 oportunidades e igualando las 20 restantes. A su vez, los uruguayos le han marcado 103 goles a Boca, mientras que los argentinos han convertido 101 tantos contra los bolsilludos.