Tras la salida de Dave Rennie de los Wallabies, Eddie Jones regresa a dirigir por segunda vez al combinado australiano tras su paso del 2001 al 2005, donde consiguió el subcampeonato del Mundial de Rugby de 2003, en el que Australia fue anfitrión.
Jones disputó siete partidos al mando de de los oceánicos en la RWC 2003. En fase de grupos le ganó a Los Pumas por 24 a 8 en su debut, goleó 90-8 a Rumania, vapuleó a Namibia por 142 a 0 y cerró la fase inicial con una ajustada victoria ante Irlanda por 17 a 16, clasificándose como líder, escoltado por El Trébol. En cuartos de final volvió a enfrentar a un equipo británico: Escocia. El local plantó bandera y se impuso 33-16. En semifinales se midió con su par oceánico, Nueva Zelanda, y le ganó por 22 a 10. En la final se cruzó nuevamente con un combinado europeo, pero en esa oportunidad fue Inglaterra quién resultó victoriosa consagrándose por 20 a 17 con un drop de Jonny Wilkinson en tiempo extra y dejando los Wallabies subcampeones.
En la edición del 2015, con sede en Inglaterra, Jones estuvo a cargo del seleccionado de Japón donde no logró la clasificación a cuartos de final. Los nipones formaron parte del Grupo B, donde superaron agónica e históricamente a Sudáfrica por 34 a 32 en su debut, perdieron con Escocia por 45 a 10, se repusieron del golpe y le ganaron a Samoa por 26 a 5 y cerraron su participación en la fase inicial con una victoria ante Estados Unidos por 28 a 18 finalizando además su participación mundialista en el tercer lugar de la zona, por debajo de los Springboks y El Cardo.
La siguiente cita mundialista para el australiano fue a cargo de Inglaterra en 2019, donde volvió a obtener el subcampeonato. El conjunto de La Rosa formó parte del Grupo C. Allí goleó a Tonga por 35 a 5 en su debut, vapuleó a Estados Unidos por 45 a 7, superó a Los Pumas por 39 a 10 y no pudo disputar su partido ante Francia por incidencias climatológicas, por lo que se decretó empate en 0. Así, los dirigidos por Jones avanzaron a cuartos de final liderando su grupo, seguidos por los galos. En su primer encuentro en la fase eliminatoria, los comandados por el oceánico superaron contundentemente a Australia por 40 a 10 y clasificaron a semifinales, instancia en la que se impusieron ante Nueva Zelanda por 19 a 7 y consiguieron el pase a la final, donde cayeron ante Sudáfrica por 32 a 12.
Cabe remarcar, que en 2007 fue ayudante de Jake White en Sudáfrica, país que terminó quedándose con el trofeo tras vencer justamente a La Rosa en la definición.