Enzo Pérez tomó la determinación de dejar River Plate tras finalizar su contrato y volver a Estudiantes de La Plata, cuadro con el que mostró su mejor versión entre 2007 y 2011 y le permitió hacer su carrera en el fútbol de Europa. En su regreso a La Plata después de 13 años y apenas 116 días después de ser presentado oficialmente, consiguió la consagración en la Copa de la Liga 2024 al vencer por 4-3 en la tanda de penales a Vélez Sarsfield -1-1 finalizó el partido de 120 minutos-.
Enzo Pérez no fue la figura de Estudiantes de La Plata en la final ante Vélez Sarsfield, debido a que el cuadro de Liniers fue el que manejó los hilos de la pelota en la mayor parte del tiempo que el exseleccionado argentino estuvo en cancha. Pocos minutos antes del final del tiempo regular del partido fue reemplazado por Pablo Piatti, otro de los experimentados del elenco pincharrata.
De todos modos, su ambición ganadora fue vital para que el Pincha llegara a la definición de la Copa de la Liga, no solo por lo que demostró en los mata-mata frente a Barracas Central y Boca Juniors en cuartos de final y semifinal, respectivamente, sino también por ser referente y dueño de la mitad de la cancha en la fase regular del certamen.
Enzo Pérez solo demoró 116 días en ser campeón luego de ser presentado el pasado 10 de enero como nuevo jugador de Estudiantes de La Plata, y así llegar a la cifra de tres títulos con la institución platense: Copa Libertadores 2009, Apertura 2010 y Copa de la Liga 2024.
Cabe destacar que Estudiantes de La Plata continúa en carrera en la Copa Libertadores -además de clasificarse a la edición 2025- así como también en la Copa Argentina, competencia en la que es defensor del título por haber ganado la edición 2023 ante Defensa y Justicia. Pudo haber ganado un título más en este 2024, pero perdió la Supercopa Argentina ante su exclub y cuadro del que es confeso hincha, River Plate, en Córdoba. En aquel encuentro, Enzo Pérez fue titular y salió del cotejo con ventaja 1-0, pero los de Martín Demichelis lo dieron vuelta en una ráfaga sobre el epílogo y se quedaron con el trofeo con una victoria por 2-1.
A sus 38 años y como pieza fundamental para el equipo de Eduardo Domínguez, Enzo Pérez dio una muestra de vigencia al conseguir el título número 19 de su carrera.