Si bien el auge del fútbol japonés arrancó en los sesenta, los Samuráis Azules debieron esperar 30 años para jugar su primer Mundial, tras encadenar fracaso tras fracaso desde los sesenta. Recién a partir de la década del noventa, los nipones se convirtieron en una selección competitiva, que estuvo muy cerca de ir a Estados Unidos 1994, de no ser por la denominada Agonía de Doha, cuando Irak le empató agónicamente a Japón y le dio el boleto a Corea del Sur.
Con la ampliación de dos a cuatro cupos para Asia de cara al Mundial 1998, Japón ganó mayores oportunidades de ir a la Copa del Mundo y así lo hizo para la cita mundialista de Francia. Tras quedar segundo del Grupo B, los Samuráis Azules vencieron 3-2 a Irán en la repesca y así lograron su primera presencia en un Mundial.
Estas son las participaciones de Japón en la Copa del Mundo:
Tras un sorteo poco benévolo, Japón ofreció resistencia, pero no pudo trascender en el Grupo H. En su histórico debut, cayó 1-0 ante Argentina por el gol de Gabriel Omar Batistuta. En su segundo partido ante Croacia, la selección nipona llegó a ilusionarse con sacar un empate, pero Davor Suker decantó el partido para los suyos a los 77. En su despedida del Mundial, los Samuráis Azules tampoco pudieron con Jamaica al caer por 2-1, pero Masashi Nakayama se transformó en el primer futbolista japonés en anotar en una cita mundialista.
Si bien clasificó por anfitrión, el estatus de vigente campeón de Asia disparó la ilusión de los hinchas locales, que pudieron disfrutar de una de las mejores participaciones de Japón en la historia de los Mundiales. Ubicado en el Grupo H, la selección nipona sumó su primer punto en una Copa del Mundo al igualar 2-2 contra Bélgica gracias a los goles de Takayuki Suzuki y Junichi Inamoto. En el siguiente partido, Inamoto hizo delirar a los hinchas japoneses en el Estadio Internacional de Yokohama al anotar el gol del triunfo contra Rusia, y así conducir a los Samuráis Azules a su primera victoria en un Mundial. En el cierre de la fase de grupos, Hiroaki Morishima y Hidetoshi Nakata se encargaron de doblegar a Túnez (2-0) y así lograr la primera clasificación de Japón a una segunda fase mundialista. En octavos de final, Turquía apagó los sueños locales a llevarse un triunfo por la mínima gracias al gol de Ümit Davala.
Tras hacerse historia en su Mundial, Japón llegó al Mundial de Alemania otra vez como campeón de Asia y dispuesto a seguir haciendo historia, pero el sorteo fue benévolo y tampoco estuvo a la altura. En su debut, arrancó ganando gracias a un gol del histórico Shunsuke Nakamura, pero Australia lo dio vuelta en los últimos minutos gracias a un doblete de Tim Cahil y un tanto de John Aloisi. Ante Croacia era vital el triunfo, pero los Samuráis Azules apenas empataron sin goles. En el cierre de la fase de grupos, Brasil no le dio opción y lo eliminó de la Copa del Mundo tras ganarle por 4-1.
Otra vez le tocaron dos europeos y otra vez hizo historia, esta vez fuera de sus fronteras. Emparejado en el Grupo E, Japón arrancó venciendo 1-0 a Camerún gracias a un gol de Keisuke Honda, la gran figura nipona en aquel Mundial. En el siguiente partido, cayó 1-0 ante Países Bajos, por lo que se jugaba todas sus opciones ante Dinamarca. En el decisivo partido por el boleto a octavos, Keisuke Honda abrió el camino del triunfo con un gol a los 17', Yasuhito Endo estiró la diferencia a los 30' y el triunfo parecía sentenciado. Sin embargo, Jon Dahl Tomasson acortó distancias a los 81', pero Shinji Okazaki selló el boleto a poco del final. Ante Paraguay, Japón tenía la oportunidad histórica de alcanzar los cuartos de final y estuvo cerca, tras forzar la tanda de penales. No obstante, Yuichi Komano falló el tercer disparo mientras la Albirroja acertó sus cinco remates y logró un histórico boleto a cuartos.
Clasificado como primero de su grupo en las Eliminatorias y en su condición de campeón de Asia, Japón aspiraba a mejorar la campaña en el anterior Mundial, pero fracasó estrepitosamente en un grupo, a priori, no tan complicado. En su estreno en el Grupo C, el cuadro japonés parecía volver a soñar de la mano de Keisuke Honda (16'), pero Costa Marfil lo dio vuelta en apenas dos minutos gracias a los goles de Bony y Gervinho. Ante Grecia, el triunfo era necesario, pero los Samuráis Azules no pasaron del empate sin goles. Ante una Colombia alternativa le bastaba el triunfo, pero el fracaso se hizo todavía más estrepitoso al caer por 4-1.
Afianzó una curiosa estadística: desde su debut, alterna eliminaciones en primera fase con clasificaciones a octavos. Ubicado en un grupo parejo, Japón arrancó con un gran triunfo por 2-1 contra Colombia gracias a los goles de Shinji Kagawa y Yuya Osako. Tras vencer al rival más difícil de su grupo, el camino parecía allanado para los Samuráis Azules, que rescataron un empate 2-2 ante Senegal gracias a un gol del siempre decisivo Keisuke Honda. En la última fecha, sucedió un hecho insólito: Japón cayó 1-0 ante Polonia y Senegal frente a Colombia por idéntico marcador, por lo que ambos quedaron igualados en puntos (4) y todos los otros criterios de desempate. Así, el boleto a octavos de final se decidió por Fair Play y el seleccionado nipón avanzó al tener menos tarjetas amarillas que la selección africana. En octavos, Japón dio la sorpresa al ponerse 2-0 contra Bélgica gracias a los goles de Genki Haraguchi y Takashi Inui, pero los Diablos Rojos terminaron remontando en los minutos de descuento y así Japón nuevamente vio frustrado su sueño de alcanzar unos cuartos de final de una Copa del Mundo.
Japón disputó 6 Copas del Mundo, en las cuales jugó 21 partidos, con 5 triunfos, 5 empates y 11 derrotas. Marcó 20 goles y recibió 29. Tiene una efectividad del 31,74 por ciento y está en el puesto 30 de la tabla histórica.
