Ante Japón, Sebastián Coates llegó a 50 partidos disputados con la Selección Uruguaya, por lo que el defensa fue homenajeado durante los entrenamientos en Seúl.
Coates fue titular en el equipo de Marcelo Broli y cumplió una buena tarea en la última línea del conjunto uruguayo, que empató 1-1 con los nipones en el primer amistoso de esta Fecha FIFA.
El defensa debutó en la Selección Uruguaya el 23 de junio de 2011 en un amistoso contra Estonia, en la preparación previa a la Copa América de ese año. En este torneo, el por entonces futbolista de Nacional tuvo una destacada actuación, jugando cuatro partidos -todos como titular- y celebrando el título en Buenos Aires en la final ante Paraguay. Además, fue reconocido como el mejor jugador joven del certamen, un comienzo inmejorable para su carrera con la Celeste. Sus actuaciones despertaron el interés de Liverpool, que ya tenía a Luis Suárez y sumó al zaguero en esa ventana de fichajes.
Desde entonces, Coates ha sido un nombre fijo en la nómina de Uruguay, participando en las Copas del Mundo de 2014, 2018 y 2022 así como en sus procesos de Eliminatorias; la Copa América 2015, 2019 y 2021; además de la Copa Confederaciones de 2012.
El capitán de Sporting de Portugal tiene un solo gol en su carrera con la Selección: fue el 10 de noviembre de 2016, en la victoria de Uruguay por 2 a 1 sobre Ecuador en las Eliminatorias para Rusia 2018.