Y un día volvió para vestir la camiseta de sus amores. Jefferson Farfán firmó por Alianza Lima y disputará el torneo local después de 16 años. Sin duda, un año en el que los hinchas del cuadro blanquiazul podrán disfrutar del talento de la Foquita en el campo de juego.
Jefferson Farfán debutó con la camiseta de Alianza Lima el 28 de julio de 2001 ante Deportivo Wanka. La Foquita empezó su etapa formativa en Municipal y luego pasó al cuadro blanquiazul para finalizar las divisiones menores y pasar al primer equipo.
En la temporada 2003, Jefferson Farfán fue determinante en la campaña de Alianza Lima al anotar en los suplementarios el gol ante Sporting Cristal que le permitió al equipo de Gustavo Costas conseguir el título nacional. Además de ser considerado el mejor jugador del campeonato peruano.
En la temporada 2004, las buenas actuaciones de Jefferson Farfán dieron sus frutos. El delantero nacional era considerado constantemente por Paulo Autori en la Selección Peruana y sumaba partidos en las Eliminatorias rumbo a Alemania 2006. Su buen presente despertó el interés del PSV Eindhoven y firmó para empezar su carrera en Europa.
Cabe señalar que Jefferson Farfán fue consecuente con sus declaraciones. Siempre el delantero habló de volver al cuadro de La Victoria y cumplió su promesa a los hinchas.