En el Siglo XXI, Nacional ha jugado en más de cincuenta oportunidades contra equipos brasileños por Torneos CONMEBOL, protagonizando series muy recordadas.
Una de las mejores eliminatorias de la CONMEBOL Libertadores en este siglo ha sido la llave entre Santos y Nacional por los octavos de final de la Copa 2003, donde primero fue empate 4 a 4 en Montevideo, luego 2 a 2 en Sao Paulo, donde el Peixe se impuso por penales.
En cuanto a llaves ganadas por el Bolso, aún vive en la memoria de los hinchas tricolores la llave ante Palmeiras en 2009 que le permitió acceder a semifinales y contra Corinthians, por octavos de 2016; ambas series ganadas por haber marcado más goles de visitantes.
Respecto a las perdidas, hay dos con diferencia de 16 años, pero ambas teniendo a Luis Suárez jugando para el Bolso: en 2006, Nacional quedó afuera en octavos de Libertadores con Internacional (y con arbitrajes que notoriamente lo perjudicaron); y en 2022, fue dolorosa la eliminación ante Goianiense en la Sudamericana, habiéndose concretado horas antes el regreso del Pistolero.
De todas maneras, nada se compara con el dolor que generó la muerte de Juan Izquierdo, quien en la serie ante Sao Paulo por los octavos de la Copa 2024 se desplomó en el partido revancha y falleció días más tarde.
Por CONMEBOL Libertadores
1. 8 de mayo de 2002. Gremio 1 - 0 Nacional. Cuartos de final.
2. 15 de mayo de 2002. Nacional 1 - 1 Gremio. Gol de Nacional: Richard Morales.
3. 23 de abril de 2003. Nacional 4 - 4 Santos. Octavos de final. Goles de Nacional: Gabriel Álvez, Horacio Peralta, Diego Scotti y Benoît Angbwa.
4. 7 de mayo de 2003. Santos 2 (3) - 2 (1) Nacional. Octavos de final. Fabián O’Neill y Sebastián Eguren.
5. 23 de febrero de 2006. Internacional 3 - 0 Nacional. Grupo 6.
6. 4 de abril de 2006. Nacional 0 - 0 Internacional. Grupo 6.
7. 27 de abril de 2006. Nacional 1 - 2 Internacional. Octavos de final. Gol de Nacional: Marco Vanzini.
8. 3 de mayo de 2006. Internacional 0 - 0 Nacional. Octavos de final.
9. 21 de febrero de 2007. Nacional 3 - 1 Internacional. Grupo 4. Goles de Nacional: Diego Vera, Javier Delgado y Jorge Martínez.
10. 19 de abril de 2007. Internacional 1 - 0 Nacional. Grupo 4.
11. 6 de marzo de 2008. Nacional 3 - 0 Flamengo. Grupo 4. Goles de Nacional: Richard Morales (2) y Bruno Fornaroli.
12. 20 de marzo de 2008. Flamengo 2 - 0 Nacional. Grupo 4.
13. Primero de mayo de 2008. Nacional 0 - 0 Sao Paulo. Octavos de final.
14. 8 de mayo de 2008. Sao Paulo 2 - 0 Nacional. Octavos de final.
15. 28 de mayo de 2009. Palmeiras 1 - 1 Nacional. Cuartos de final. Gol de Nacional: Santiago García.
16. 18 de junio de 2009. Nacional 0 - 0 Palmeiras. Cuartos de final.
17. 30 de abril de 2010. Cruzeiro 3 - 1 Nacional. Octavos de final. Gol de Nacional: Mario Regueiro.
18. 6 de mayo de 2010. Nacional 0 - 3 Cruzeiro. Octavos de final.
19. 24 de febrero de 2011. Fluminense 0 - 0 Nacional. Grupo 3.
20. 7 de abril de 2011. Nacional 2 - 0 Fluminense. Grupo 3. Goles de Nacional: Santiago García (2).
21. 12 de abril de 2012. Nacional 0 - 1 Vasco da Gama. Grupo 5.
22. 9 de febrero de 2012. Vasco da Gama 1 - 2 Nacional. Grupo 5. Goles de Nacional: Dedé (en contra) y Vicente Sánchez.
23. 13 de febrero de 2014. Nacional 0 - 1 Gremio. Grupo 6.
24. 10 de abril de 2014. Gremio 1 - 0 Nacional. Grupo 6.
25. 10 de marzo de 2016. Palmeiras 1 - 2 Nacional. Grupo 2. Goles de Nacional: Nicolás López y Leandro Barcia.
26. 17 de marzo de 2016. Nacional 1 - 0 Palmeiras. Grupo 2. Gol de Nacional: Nicolás López.
27. 28 de abril de 2016. Nacional 0 - 0 Corinthians. Octavos de final.
28. 5 de mayo de 2016. Corinthians 2 - 2 Nacional. Octavos de final. Goles de Nacional: Nicolás López y Santiago Romero.
29. 19 de abril de 2017. Chapecoense 1 - 1 Nacional. Grupo 7. Gol de Nacional: Hugo Silveira.
30. 27 de abril de 2017. Nacional 3 - 0 Chapecoense. Grupo 7. Goles de Nacional: Kevin Ramírez, Rodrigo Aguirre y Tabaré Viudez.
31. 6 de julio de 2017. Nacional 0 - 1 Botafogo. Octavos de final.
32. 10 de agosto de 2017. Botafogo 2 - 0 Nacional. Octavos de final.
33. Primero de abril de 2018. Chapecoense 0 - 1 Nacional. Segunda ronda. Gol de Nacional: Santiago Romero.
34. 8 de abril de 2018. Nacional 1 - 0 Chapecoense. Segunda ronda. Gol de Nacional: Santiago Romero.
35. 15 de marzo de 2018. Santos 3 - 1 Nacional. Grupo 6. Gol de Nacional: Christian Oliva.
36. 2 de mayo de 2018. Nacional 1 - 0 Santos. Grupo 6. Gol de Nacional: Leandro Barcia.
37. 13 de marzo de 2019. Nacional 1 - 0 Atlético Milenio. Grupo 5. Gol de Nacional: Gonzalo Bergessio.
38. 24 de abril de 2019. Atlético Mineiro 0 - 1 Nacional. Grupo 5. Gol de Nacional: Felipe Carballo.
39. 24 de julio de 2019. Nacional 0 - 1 Internacional. Octavos de final.
40. 31 de julio de 2019. Internacional 2 - 0 Nacional. Octavos de final.
41. 7 de abril de 2022. RB Bragantino 2 - 0 Nacional. Grupo C.
42. 25 de mayo de 2022. Nacional 3 - 0 RB Bragantino. Grupo C. Goles de Nacional: Alfonso Trezza, Camilo Cándido y Cleiton (en contra).
43. 3 de mayo de 2023. Internacional 2 - 2 Nacional. Grupo B. Goles de Nacional: Diego Zabala y Fabián Noguera.
44. 7 de junio de 2023. Nacional 1 - 1 Internacional. Grupo B. Gol de Nacional: Bruno Damiani.
45. 15 de agosto de 2024. Nacional 0 - 0 São Paulo. Octavos de final.
46. 22 de agosto de 2024. São Paulo 2 - 0 Nacional. Octavos de final.
47. 9 de abril de 2025. Nacional 0 - 1 Bahía. Grupo F.
48. 22 de abril de 2025. Internacional 3 - 3 Nacional. Grupo F. Goles de Nacional: Julián Millán, Luciano Boggio y Sebastián Coates.
49. 7 de mayo de 2025. Bahía 1 - 3 Nacional. Grupo F. Goles de Nacional: Lucas Morales, Nicolás López y Julián Millán.
Por CONMEBOL Sudamericana
1. 19 de octubre de 2006. Nacional 1 - 2 Athletico Paranaense. Cuartos de final. Gol de Nacional: Diego Alonso. Copa Sudamericana
2. 25 de octubre de 2006. Athletico Paranaense 4 - 1 Nacional. Cuartos de final. Gol de Nacional: Jorge Brítez. Copa Sudamericana
3. 24 de octubre de 2018. Fluminense 1 - 1 Nacional. Cuartos de final. Gol de Nacional: Matías Zunino. Copa Sudamericana
4. 31 de octubre de 2018. Nacional 0 - 1 Fluminense. Cuartos de final. Copa Sudamericana
5. 3 de agosto de 2022. Nacional 0 - 1 Atlético Goianiense. Cuartos de final. Copa Sudamericana
6. 10 de agosto de 2022. Atlético Goianiense 3 - 0 Nacional. Cuartos de final. Copa Sudamericana
Por Copa Mercosur
1. 18 de julio de 2001. Flamengo 2 - 0 Nacional. Grupo B. Copa Mercosur
2. 11 de setiembre de 2001. Nacional 4 - 1 Flamengo. Grupo B. Goles de Nacional: Limberg Gutiérrez (2), Richard Morales y Raúl Cardozo. Copa Mercosur