Independiente Medellín vuelve a La Bombonera, donde en 2003 cayó ante Boca Juniors en el que fue el inicio de una campaña inolvidable para la afición del ‘rojo de la montaña’.
En un grupo en el que también se encontraban Barcelona de Ecuador y Colo Colo de Chile, DIM visitó a Boca en la primera fecha y se llevó una derrota 2-0 tras los goles de Ezequiel González y Marcelo Delgado. En el encuentro hubo una pena máxima a favor del DIM cuando el juego iba 1-0 y fue Roberto Abbondanzieri el que saliera vencedor en el duelo con Tressor Moreno, quien desperdició desde los 12 pasos. Aquel día se irían expulsados Guillermo Barros Schelotto por el local y Felipe Baloy por la visita.
El equipo argentino sería a la postre el campeón de la Libertadores. La derrota, que no fue un gran problema teniendo en cuenta el rival y la cancha, sirvió de trampolín para el Medellín, que inició una escalada que lo llevó a pasar como líder del grupo y luego llegar hasta las semifinales.
Tras perder en Argentina, Medellín recibió a Barcelona al que venció por 1-0 tras un gol de ‘Choronta’ Restrepo y luego viajó a Santiago de Chile donde perdió (2-1) con Colo Colo.
En el Atanasio Girardot se volvería a ver las caras con Boca Juniors. En un partido inolvidable con casa llena, se vivió una victoria agónica tras el gol de David Montoya (Min. 89’) para el 1-0 final. Medellín conseguiría otro triunfo y la clasificación cuando fue y ganó en Ecuador a Barcelona por 2-4. Los tantos fueron obra de Tressor Moreno x2, Mauricio Molina y David Montoya.
Ya en el último juego de la fase de grupos el equipo antioqueño superó por 2-0 a Colo Colo con doblete de Jorge Horacio Serna.
En octavos de final enfrentarían a Cerro Porteño de Paraguay. De visitantes ganaría Medellín con un solitario gol de David Montoya y ya en la capital de la montaña la serie se definió por penales tras caer en los 90’ por 1-0. El portero David González se convertiría en la figura luego de atajar dos cobros para así avanzar.
En cuartos de final Medellín se mediría a Gremio. El primer encuentro fue en Porto Alegre donde el equipo paisa empató 2-2 con goles de ‘Mao’ Molina y Montoya. En condición de local el DIM venció por 2-1 con tantos de Serna y William Vásquez Chacón.
Era la primera vez y la única hasta ahora, que el Deportivo Independiente Medellín llegaba hasta las semifinales de una Libertadores, le tocó enfrentarse al Santos que tenía entre otros a Diego, Robinho y Elano. Hasta allí duraría el sueño continental del ‘Poderoso’.
La serie empezó en Brasil donde los locales vencieron por 1-0. En Colombia el equipo que dirigía Víctor Luna empezó ganando con gol de Tressor Moreno, sin embargo, Santos remontaría luego y apenas sobre el minuto 80’ ‘Mao’ Molina pudo poner el empate a dos tantos. La ilusión de poder igualar en el global se desvaneció cuando el equipo brasileño finiquitó un contraataque para el 2-3 final que dio la eliminación al ‘equipo del pueblo’.