La historia de Nacional en la CONMEBOL Libertadores está plagada de partidos inolvidables que quedaron marcados a fuego en la memoria de los hinchas.
En ese sentido, los clásicos ante Peñarol ocupan un lugar preponderante en el recuerdo. Muchos olvidan una goleada clásica de Nacional en la Copa de 1966. Ocurrió el 30 de enero en el Estadio Centenario. Los tricolores golearon 4 a 0 con tantos convertidos por Julio César Morales, Ruben Techera, Orlando Virgili y Domingo Pérez.
Un año después, tricolores y aurinegros se cruzaron en semifinales donde el brasileño Celio Taveira fue determinante para eliminar a Peñarol. El primer clásico lo ganaron los albos 1 a 0 con gol de Celio. La revancha terminó 2 a 2. Los dos goles de Nacional los marcó el brasileño, el segundo de ellos en la hora.
En la edición de 1969 se registró un histórico triunfo tricolor en el estadio Pascual Guerrero al golear 5-1 al Deportivo Cali. Nacional fue campeón en 1971 donde, además de las tres finales contra Estudiantes de La Plata, quedó en el recuerdo la goleada 3-0 ante Palmeiras en Pacaembú.
LOS TRES GOLES DE ARTIME
El 3 de mayo de 1972 se registró otro hecho histórico en la Copa Libertadores. Nacional venció a su eterno rival Peñarol por 3 a 0 con tres goles del goleador argentino Luis Artime.
La edición de 1980 también quedó en la historia porque Nacional conquistó por segunda vez el título. Allí se produjo el denominado “éxodo tricolor”, por la cantidad de hinchas que acompañaron al equipo en la final de ida contra Inter en Porto Alegre.
Entre los tantos partidos inolvidables de aquella Copa quedó el triunfo 1-0 sobre Olimpia de Paraguay en el Estadio Defensores del Chaco con gol de Dardo Pérez.
En 1988, el Bolso se volvió a coronar campeón. Para los hinchas fue inolvidable la noche de la final en el Estadio Centenario ante Newell’s Old Boys, pero en el camino hubo partidos épicos como el empate 1-1 contra América de Cali en el Pascual Guerrero con gol de Juan Carlos De Lima.
EL GOL DE MUNÚA
En el año 2003 se registró otro hecho insólito en la historia de Nacional y fue el triunfo 3-2 ante Oriente Petrolero en el estadio Ramón Tahuichi Aguilera. El gol del triunfo llegó en el minuto 90 a través de un penal que remató el golero Gustavo Munúa.
De esa misma edición de la Libertadores se recuerda el partido con Santos de Brasil el 23 de abril de 2003 en el Estadio Centenario. El juego terminó 4 a 4. La épica de Nacional fue inolvidable. Al término del primer tiempo el Bolso perdía 0-2. En el complemento Santos llegó a estar 3-1 arriba. Nacional logró empatar pero, a seis minutos del final, recibió un golpe de nocaut con el cuarto gol del elenco brasileño. Sin embargo, a los 94 minutos el camerunés Benoit marcó el 4 a 4 definitivo. En las ediciones de 2007, 2008 y 2009, Nacional logró tres triunfos importantes contra Inter (3-1), Flamengo (3-0) y River Plate (3-0) respectivamente.
Por los cuartos de final de la edición de 2009, el Bolso logró un agónico empate en el Parque Antárctica contra Palmeiras. El gol lo marcó el Morro Santiago García a 10 minutos del final.
El 7 de marzo de 2013, Nacional logró otro triunfo importante al vencer 1-0 a Boca Juniors en La Bombonera. Mientras que en la edición de 2016 el equipo tricolor le ganó los dos partidos a Palmeiras, 1-2 en la ida en Brasil, y 1-0 en la revancha en Montevideo.