Tras el éxito de la primera edición de la Copa de Campeones de América en 1960 en la que levantó el trofeo, Peñarol llegó a la copa del año siguiente como uno de los claros favoritos al título. Participaron dos equipos en la fase preliminar (Independiente Santa Fe de Colombia y Barcelona de Ecuador), de los que el cafetero clasificó a la fase regular, formada por ocho clubes.
Peñarol debutó contra Universitario de Perú el 19 de abril del 61 goleando 5 a 0, con dobletes de Alberto Spencer y Juan Joya, y el restante lo hizo “Pepe” Sasía. Este último junto al peruano habían llegado ese año al mirasol para reforzar al vigente campeón. En la vuelta en Lima, los locales ganaron 2 a 0, pero no les alcanzó para revertir la serie.
En semifinales, se reeditó uno de las primeras rivalidades continentales que tuvo el certamen: Peñarol contra Olimpia de Paraguay. Los carboneros habían vencido al franjeado en las finales de 1960 y ahora se reencontraban en semifinales. El partido de ida, celebrado en Montevideo el 21 de mayo, se recuerda como duro y con varias tarjetas. Antes de la hora de partido ya había dos expulsados en los paraguayos y uno en los mirasoles. El resultado final fue 3 a 1 para Peñarol con goles de Joya, Núber Cano y Luis Cubilla, mientras que Antonio González marcó para la “O”.
En la vuelta en Asunción, fue otra batalla, que también terminó con victoria aurinegra. Luis Doldán abrió el marcador para los locales en la primera parte, pero Sasía y Cubilla lo dieron vuelta en el segundo tiempo y clasificaron a Peñarol a su segunda final consecutiva. El rival sería Palmeiras.
El 4 de junio se disputó la primera final en Montevideo. Los brasileños contaban con un futbolista excepcional como Djalma Santos, que habían sido campeón del mundo en 1958 y que lo sería de nuevo en 1962. El partido fue muy cerrado y cuando parecía que se iba en empate, Spencer consiguió el gol a un minuto del final.
La revancha en Pacaembú, disputada el 11 de junio, comenzó de la mejor manera para Peñarol con un gol de volea a los cinco minutos de Sasía. El tanto tuvo una particularidad: los brasileños protestaron que la pelota había pasado por afuera de la red. “Los tres jueces fueron hacia el arco y comprobaron que las piolas habían sido rotas por el furibundo tiro del Pepe. Praddaude (el árbitro) les dijo: ‘¿Gol? No, ¡golazo!’, y señaló nuevamente el centro de la cancha”, relata el libro “Historia de Peñarol”, de Luciano Álvarez.
Los verdes lograron empatar el juego a los 70 por medio de Nardo, pero les faltó un gol para para forzar una tercera final, por lo que Peñarol fue campeón. El aurinegro tuvo a tres nombres como goleadores: Spencer, Joya y Sasía compartieron la tabla de goleo del club con tres tantos cada uno. En dos ediciones disputadas, el Mirasol lograba el bicampeonato de América. Ese año, además, consiguió meses después su primer título Intercontinental contra Benfica.