Luego de no ir a la pretemporada de Boca en Estados Unidos y no ser tenido en cuenta por el técnico Guillermo Barros Schelotto en los últimos partidos, Sebastián Pérez arregló su salida del Xeneize para ir a préstamo por un año al Pachuca de México.
El volante formaba parte de la legión de colombianos que hay en Boca, acompañado de Frank Fabra, Wilmar Barrios, Edwin Cardona y Sebastián Villa, quien se sumó en este mercado proveniente del Tolima.
Fabra, luego de enterarse de la salida de Pérez, lo despidió con un gracioso posteo en su cuenta de Instagram: "Adiós amigo, se te va a extrañar. No se murió ni nada, pero se va del equipo. Te quiero mucho".