Al día siguiente de la derrota en la final del Torneo Apertura ante Rentistas, Gustavo Munúa dejó de ser el entrenador de Nacional. El técnico que dejó su trabajo en el Cartagena de España para ser la cabeza de un proyecto institucional en el Tricolor, perdió su puesto tras el primer torneo corto del Campeonato Uruguayo.
Después de una primera experiencia en el banco de Nacional durante el Campeonato Uruguayo 2015/2016 -que terminó obteniendo Peñarol y en el que el Bolso cayó en cuartos de final de la Copa Libertadores-, Munúa había regresado al club en 2020 tras los buenos resultados que había dado el Nacional de Álvaro Gutiérrez, que levantó el trofeo.
Fue presentado el 6 de enero y reconoció estar “encantado de volver a casa, con una gran ilusión y muchísima responsabilidad”. Su llegada se negoció con cierta facilidad debido a que en el Cartagena tenía una cláusula abierta para poder salir en caso que viniera el llamado desde Montevideo. Tanto ese día, como en las conferencias de prensa que protagonizó a lo largo del año, Munúa siempre destacó la importancia del proyecto de Nacional a nivel institucional y deportivo. Sin la mochila del torneo anterior de cortar el tricampeonato de Peñarol, el equipo albo buscó promover a sus jugadores juveniles y rodearlos de algunos jugadores destacados.
El comienzo del año no fue sencillo para Munúa: fue derrotado ante Liverpool en la Supercopa Uruguaya, perdió contra Rentistas en la primera fecha, y empató de forma agónica ante Cerro Largo en la segunda. Los fantasmas de la etapa de Eduardo Domínguez al mando del club, con su arranque con pocos puntos y rápida destitución, comenzaron a sobrevolar en Los Céspedes. El empate en el clásico contra Peñarol con un hombre de más en la cancha, tampoco ayudó.
Sin embargo, Nacional no perdió más por el campeonato local hasta la final y, con exposiciones que oscilaron entre buenas y regulares, ganó la mayoría de los juegos. En el equipo se fueron afianzando futbolistas como Agustín Oliveros o Santiago Rodríguez, y la idea del entrenador pareció ir calando. Los excelentes resultados en la Copa Libertadores le brindaron semanas de estabilidad al DT, que se aproximaba a la punta del Apertura.
A pesar de todo esto, el cierre del torneo, con el Bolso dejando ir el título en las últimas dos jornadas con un par de empates contra Boston River y Deportivo Maldonado comenzaron a marcar el principio del fin. Nacional había llegado a la recta final dependiendo de sí mismo y la ventaja se esfumó con dos presentaciones muy pobres para un equipo grande que busca levantar una copa.
Para el momento en que llegó a la final contra Rentistas, el clima alrededor de la posición de Munúa en Nacional ya era de muy pocas certezas. El histórico resultado para el Bicho Colorado, la actuación del equipo Tricolor, y la posición del entrenador de demorar en las sustituciones en una oncena que acusaba el cansancio de jugar con diez hombres, fueron el golpe de gracia para el exarquero.
Las cifras finales de Munúa en esta segunda etapa fueron: 22 partidos, 11 victorias, siete empates y cuatro derrotas (una por Supercopa, una por Libertadores y dos contra Rentistas, una en la primera fecha y otra en la final). Contratado para un proyecto con proyección a largo plazo, pero destituido tras un torneo corto, Munúa duró todavía menos que en su último pasaje.