El fútbol como lo conocemos hoy en día fue reglamentado en Inglaterra a mediados del siglo XIX, pero llegó a Serbia sobre final de esa centuria de la mano de Hugo Buli. Era un estudiante judío que había estudiado en Alemania y es reconocido como el "Padre del Fútbol de Serbia ", ya que fue él quien llevó la primera pelota al país.
La reunión inaugural de la Primera Sociedad Serbia de Fútbol tuvo lugar en un restaurant el 1 de mayo de 1899, 3 años más tarde del regreso de Buli. Ese mismo año, se creó el primer campo de juego y se disputó un encuentro entre dos equipos de la mencionada Sociedad.
Los primeros dos clubes de fútbol se fundaron en Subotica, en 1898 el Sport Club Szabad (Szabadkai Sport Egylet) y en 1901 el Sports Athletic Club Backa (FK Backa 1901). En 1903 se creó FK Sumadija en Kragujevac. Aunque los clubes de Subotica eran más antiguos, esta ciudad era parte del Imperio Austro-Húngaro en ese momento, mientras que Kragujevac estaba en el territorio del Reino de Serbia. Hoy ambas forman parte del estado serbio.
Finalizada la Primera Guerra Mundial, se cambiaron los límites de la región y el estado serbio pasó a formar parte del Reino de los Serbios, Croatas y Eslovenos. La Asociación de este reino fue fundada en una reunión en Zagreb, el 18 de abril de 1919. En 1929, se cambió el nombre y se lo conoció como Reino de Yugoslavia.
Cabe destacar que los dos clubes más representativos del país se crearon en el marco de la Segunda Guerra Mundial. Estrella Roja de Belgrado lo hizo dos meses antes de que finalice, el 4 de marzo de 1945, y Partizan fue fundado cinco meses después de la finalización de las hostilidades, el 4 de octubre 1945.
La Selección tuvo su debut internacional en los Juegos Olímpicos de 1920 en Amberes, Bélgica, donde sufrió una categórica derrota por 7-0 ante Checoslovaquia. El combinado nacional de Yugoslavia disputó su último partido el 25 de marzo de 1992, cayendo frente a Países Bajos por 2-0.
La Primera Liga Yugoslava se disputó desde 1923 hasta 1992. En 1991, los clubes de Eslovenia y Croacia se fueron y formaron sus propias ligas, los siguieron en 1992 los clubes de Bosnia y Herzegovina y Macedonia. Por lo que entre 1992 y 2006, se jugó con clubes de Serbia y Montenegro hasta que este último declaró su independencia. Desde ese momento, la liga está formada exclusivamente por clubes de Serbia.
Tras la disolución de Yugoslavia y la separación de Montenegro, el 26 de junio de 2006, la Asociación de Fútbol de Serbia fue admitida como miembro de la FIFA y la UEFA, como sucesora legal de todas las asociaciones nacionales anteriores de las que formaba parte.
Luego de la secesión de Montenegro, Serbia adoptó como indumentaria camisetas rojas, pantalones cortos azules y medias blancas en honor a su bandera tricolor. Dejando atrás el tradicional azul que utilizó hasta ese momento. Entre 2010 y 2016 se incorporó una remera con un motivo de cruz inspirado en el escudo de armas del país. En los últimos años, Serbia ha utilizado uniformes totalmente rojos debido a las normas de FIFA.